Юзеф Калиновский родился в Вильне 1 сентября 1835 года в дворянской семье, его отец был университетским профессором математики, мать умерла несколько дней спустя после рождения ребенка. Через три года отец женился на Виктории Полонской, родной сестре почившей жены. В юности Юзеф учился в Дворянском институте в Вильне и в Горы-Горецкой сельскохозяйственной школе недалеко от Орши.

В 1853 году юноша приехал в Петербург, где стал студентом Николаевской инженерной академии, которая располагалась в Михайловском замке. В Петербурге Калиновский перестал приступать к Святым Таинствам, в храм заглядывал редко, но продолжал задавать себе вопросы о смысле жизни и упорно искал на них ответы. По окончании обучения Юзеф получил диплом инженера и чин поручика. Его оставили в Академии преподавать математику и строительную механику. В 1859 году Калиновский участвовал в проектировании линии железных дорог Курск - Киев - Одесса.

Благодаря молитвам матери и под влиянием чтения "Исповеди" святого Августина Калиновский пережил духовный переворот и стал ревностным христианином.

После начала польского восстания в 1863 году, Калиновский, который в то время в чине капитана работал над строительством Брестской крепости, ушел в отставку и перешел к повстанцам, заняв пост начальника военной секции Исполнительного отдела Литвы. Калиновский был противником мстительности и кровопролития и писал брату: "Не крови, которая и так слишком много их оросила, а пота требуют польские нивы".

24 марта 1864 года Юзефа Калиновского арестовали за участие в восстании и приговорили к смертной казни. В тюрьме товарищи по несчастью относились к нему с религиозным почтением. Благодаря заступничеству близких и друзей, а также из опасения, что в случае гибели Калиновского Польша получит национального героя и святого, смертная казнь была заменена ему на десять лет каторжных работ в Сибири. С удивительной силой духа, терпением и любовью к людям Калиновский жил в молитве и надежде. Три года он проработал на соляных приисках, после чего получил разрешение обосноваться в Иркутске. Там он стал работать гувернером. Он был мягким и терпеливым человеком, ухаживал за больными, поддерживал их молитвой, добрым словом, а нередко и своими скромными средствами. Большой болью для св. Рафаила было то, что у сосланных не было зачастую и маломальского знания Закона Божия, и поэтому святой охотно учил детей и молодежь истинам веры.

В 1874 году Юзеф Калиновский был освобожден и приехал в Вильно, но ему не разрешили там обосноваться, и какое-то время ему пришлось жить в Смоленске. Затем Калиновский прибыл в Варшаву и стал воспитателем шестнадцатилетнего князя Августа Чарторыйского (причислен к лику блаженных в 2003 г.), который был болен туберкулезом. Вместе с ним Калиновский уехал в Париж, а в 1877 году, в возрасте сорока двух лет, вступил в Орден Босых Кармелитов в Граце, Австрия, и принял имя брат Рафаил святого Иосифа.

Богословие Калиновский изучал в Венгрии, а рукоположен в священники был в Черней недалеко от Кракова, 15 января 1882 года. Всего несколько месяцев спустя он стал приором этого монастыря и занимал этот пост в течение девяти лет.

В большой степени заслугами св. Рафаила Калиновского были проведены реформы Ордена Кармелитов в Галиции. По его инициативе был открыт монастырь босых кармелиток в Пшемысле, а потом и во Львове. По многу часов святой Рафаил исповедовал, его даже называли "жертвой конфессионала". У святого был необычайный дар примирять грешников с Богом и возвращать душевный покой тем, кто был охвачен страхом и неуверенностью. Пережитый в молодости кризис веры давал ему мудрость для понимания тех, кто бунтует против Бога. Святой был всегда сосредоточен, соединен с Богом, послушен монашескому Уставу, готов на жертвы, посты и умерщвления. Без остатка отдав себя Богу, Рафаил Калиновский умел любить Его в каждом человеке. Он сохранял уважение даже к тем, кто уже не мог уважать сам себя.

Умер Рафаил Калиновский от туберкулеза. Это произошло в Вадовицах 15 ноября 1907 года в монастыре, который святой сам основал и где был на момент смерти приором. Похоронили монаха на кладбище в Черней. И при жизни, и после смерти Калиновский был окружен ореолом святости; его почитали и простые люди, и кардиналы.

Епархиальная стадия процесса беатификации проходила в Кракове с 1934 по 1938 гг., но к лику блаженных Слуга Божий Рафаил Калиновский был причислен только 22 июня 1983 года Папой Иоанном Павлом II в Кракове. Заступничеством блаженного Рафаила совершались чудеса. 17 ноября 1991, в юбилейный год кончины св. Иоанна Креста, года блаженный Рафаил Калиновский был провозглашен святым.

Святой Рафаил Калиновский - покровитель сибиряков, солдат, заступник в тяжёлых и безнадёжных ситуациях.